De scholier Hodaka Morishima verlaat zijn huis op een afgelegen eiland en verhuist naar Tokio. Hij heeft geen geld en geen sociale contacten. Hodaka vindt uiteindelijk een baan als schrijver voor een occult tijdschrift. In een hoek van de drukke stad ontmoet hij een jong meisje, genaamd Hina Amano. Zij blijkt geheime bovennatuurlijke krachten te hebben.