때는 근미래인 2030년대
수수께끼의 탐정 아케치 코고로의 중심으로 모인 「소년탐정단」 그들은 크고 작은 사건을 타고난 능력으로 해결하고 있었다. 그러던 어느 날, 탐정단 멤버인 하나사키 켄스케는 의문의 소년 코바야시 요시오와 만나게 되고 『수수께끼의 안개』에 의한 '죽지 않는' 몸이 되버린 코바야시는 자살을 바라고 타인과의 접촉을 거부하고 있었다. 그런 그의 존재에 관심을 가지게 된 하나사키는 「소년탐정단」에 들어오지 않겠냐고 말을 한다. 코바야시와 하나사키, 그 둘의 만남은 이윽고 세기 범죄자인 괴인 20면상과 아케치 코고로의 인연으로 얽혀 두 사람의 운명을 움직이게 하는데...