To år efter at den interne uenighed tvang Mystery Inc. til at lukke dørende, kaldes Scooby-Doo og hans snedige detektivvenner Fred, Daphne, Shaggy og Velma hver for sig til Spooky Island for at undersøge en række overnaturlige hændelser i den splinternye forlystelsespark. Ejeren af Spooky Island Emile Mondavarious frygter, at forlystelsesparken er hjemsøgt og prøver af forene de nævenyttige detektiver, så de kan løse mysteriet, før den overnaturlige hemmelighed skræmmer alle gæsterne væk. Scooby og vennerne må overvinde de personlige uoverensstemmelser og glemme alt, hvad de hidtil viste om falske spøgelser og underlige væsner for at opklare sagen, redde sig selv og måske også hele verden.